ภาควิชาจักษุ โสต ศอ นาสิกวิทยา ได้ก่อตั้งขึ้นพร้อมกับคณะแพทยศาสตร์
มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ตามประกาศในหนังสือราชกิจจานุเบกษา ลงวันที่ 6 ตุลาคม 2515 ในการดำเนินงานเริ่มแรกได้ปฏิบัติงานร่วมกับภาควิชาโสต นาสิก ลาริงซ์วิทยา โดยมีชื่อร่วมกันว่า ภาควิชาจักษุ โสต นาสิก ลาริงซ์วิทยา โดยมีอาจารย์แพทย์หญิงพวงศล รัตนไพศาลเป็นหัวหน้าภาควิชาฯและเป็นจักษุแพทย์ท่านแรก ต่อมาจึงมีอาจารย์นายแพทย์ไสว ลิมปิษเฐียรและอาจารย์แพทย์หญิงมันทนีย์ไพรัชเวทย์
หลังจากนั้นภาควิชาจักษุวิทยาได้แยกออกจากภาควิชาโสตนาสิก ลาริงซ์วิทยาอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 9 สิงหาคม พ.ศ. 2531 โดยมีอาจารย์นายแพทย์นิมิต รัตนมาศ เป็นหัวหน้าภาควิชา
ในส่วนการดำเนินงานของภาควิชาฯ นั้น เริ่มเมื่อคณะแพทยศาสตร์ตั้งสำนักงานชั่วคราวบริเวณชั้นล่างคณะวิศวกรรมศาสตร์ ต่อมาในปี พ.ศ. 2522 ได้ย้ายสำนักงานภาควิชามาอยู่ที่ชั้น 4 อาคารบริหาร คณะแพทยศาสตร์และเมื่อปี พ.ศ. 2525 ได้ย้ายมาตั้งสำนักงานมาที่ชั้น 4 โรงพยาบาลสงขลานครินทร์
ปัจจุบันภาควิชาจักษุวิทยาตั้งอยู่ที่ชั้น 4 ของตึกโรงพยาบาลสงขลานครินทร์ภาควิชาจักษุวิทยาประกอบด้วยคลินิกตา (OPD) ตั้งอยู่ที่ชั้น 1 ห้องผ่าตัดตา (OR) ตั้งอยู่ที่ชั้น 3 สำนักงานภาควิชาตั้งอยู่ที่ชั้น 4 และหอผู้ป่วยตา (Ward) ตั้งอยู่ที่ชั้น 6
โรงพยาบาลสงขลานครินทร์ ได้ใช้ระบบคอมพิวเตอร์ในการจัดการรักษาพยาบาลมาเป็นเวลานานกว่า 10 ปี ระบบ Hospital Information System (HIS) นี้ ได้รับการพัฒนาขึ้นด้วยบุคลากรของคณะแพทย์เอง จึงเป็นระบบที่ตรงความต้องการในการใช้งาน ง่าย สะดวก และมีความปลอดภัยจากการคุกคามจากระบบคอมพิวเตอร์ภายนอก ซึ่งเป็นระบบ paperless ที่มีชื่อเสียงในระดับประเทศ
ปัจจุบันภาควิชาจักษุวิทยา คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์มีอาจารย์ทั้งหมด 18 คน ครอบคลุมทุกสาขาวิชา และได้เปิดฝึกอบรมต่าง ๆ ดังนี้
ปัจจุบัน ภาควิชาจักษุวิทยา คณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์เป็นศูนย์กลางของการดูแลรักษาและให้บริการผู้ป่วยโรคทางตาอย่างครบวงจรที่ทันสมัยที่สุดในภาคใต้ โดยมุ่งเน้นมาตรฐานระดับสากล